目标 通过varscan等找到somatic mutations之后，想看多个样本的突变之间的交集。bcftools是用来处理vcf文件，可以进行各种相关的处理和分析。 软件...
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目标 通过varscan等找到somatic mutations之后，想看多个样本的突变之间的交集。bcftools是用来处理vcf文件，可以进行各种相关的处理和分析。 软件...
tassel需要Java环境 downloads tassel_5 添加到环境变量中 命令行的tassel有很多的plugin，可以使用下面的命令查看包含了那些plugin ...
首先，不要问我昨天的笔记哪里去鸟，我只能说GWAS的论文还没看完，等我看完总结好再发上来，见谅啦。 刚到实验室，导师得知我之前在公司有分析人类WES数据的经验...
1. 过滤 /gpfs01/home/jingjing/software/vcftools_0.1.12b/bin/./vcftools --vcf ../EG5.var.f...
TASSEL的官方网站：https://tassel.bitbucket.io/[https://tassel.bitbucket.io/]在TASSEL的下载文件夹中......
1. 常见的基因型数据格式 1.1 Hapmap 数据格式 1.2 VCF数据格式 VCF 包含9列，从第10列开始为每个样本信息。表头##开头的为注释信息，包含了 VCF ...
• 指在非家系群体或系谱不明确的群体中两特定材料之间的遗传相似度与任意材料之间的遗传相似度的相对值； • 材料间不平衡的血缘关系是导致标记出现非连锁相关的另一个重要原因，小家...
在之前GWAS分析中，我们已经学会了如何使用R包qqman对单个性状绘制manhattan图，有时会需要将多个性状的manhattan图组合到一张图中分析，今天就带小伙伴学习...
