一、 安装 使用conda安装Pfam_scan pfam_scan依赖bioperl,因此,通过conda安装简单快捷. 安装hmmer3 , 使用以下命令安装: 数据库下...
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LncRNAs的识别 lncRNA被定义为长度超过200个核苷酸的非编码RNA分子,最初是由Okazaki等人在2002年对小鼠全长cDNA文库的大规模测序研究中重点描述的。...
LncPheDB: a genome-wide lncRNAs regulated phenotypes database in plants 个人总结: 目前植物中lncr...
Amorphea:无定形生物(Amorphea)是一个由一些真核生物组成的分类群,其中包括动物、真菌和一些原生生物,如滑鞭毛虫和变形虫等。这些生物之间的联系在分子水平上已经得到了确认。
Archaeplastida:原始植物(Archaeplastida)是一类真核生物,包括植物、绿色藻类和红藻。这些生物共同具有叶绿素a和b、卡诺酸和细胞壁中的纤维素。
Cryptophyceae:隐藻目(Cryptophyceae)是一类真核生物,它们具有类似植物的叶绿体和藻类的核糖体,但其细胞壁由纤维素和多糖构成。
Discoba:圆盘虫亚门(Discoba)是一类原生生物,包括两类线虫:螺旋体和鞭毛虫,以及一个单细胞生物类群:吞噬者。
Excavata:Excavata是一类原生生物,其中许多成员具有线粒体,但其线粒体的形态和功能与其他真核生物不同。该类群包括许多寄生生物和真核生物中唯一能够进行磷酸化呼吸的线虫。
Haptophyta:钩藻门(Haptophyta)是一类真核生物,具有特殊的鞭毛和钩状突起,同时还具有可以形成有机碳酸盐的质体。
Incertae:不确定分类(Incertae sedis)指的是一些生物的分类地位未能明确确定,或者尚未被归入已知的分类群之中。
Picozoa:皮孔虫(Picozoa)是一类单细胞生物,其细胞大小通常在1-5微米之间,是海洋中的一类原生生物。
SAR:SAR超群是一个由三类真核生物组成的分类群,其中包括硅藻、裸藻、蓝藻、镰刀藻和变形虫等生物,其名称源于其中三类生物的英文名称的首字母缩写。
整理植物rRNA序列库在刚接触生信的时候,测到的第一套数据就发现有一定量的rRNA,那会就找了silva数据库,经过查看文档,可以通过以下命令整理,得到泛植物的rRNA序列库。可用于去除rRNA污...
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一、软件安装 按照图中的操作,解压安装即可。注意要将patch中的文件复制到Beacon Designer的安装路径下才可以,否则这款软件是付费的。【这里上传图片失败,具体可...
之前介绍了qRT-PCR引物设计方法【分享一个qRT-PCR引物设计软件【Beacon Designer 8.14】】软件,[http://mp.weixin.qq.com/...
原核生物与真核生物基因表达方式的主要区别 原核生物:基因的转录与mRNA的翻译偶联,转录与翻译同步进行,不存在mRNA的加工问题; 真核生物:转录与翻译在空间上是隔离的,转录...
写在前面 这次分享的是遗传所周检民老师在2018年应邀在《Annual Review of Plant Biology》发表的有关植物RLCK在参与植物各种生物过程的综述"R...
这次分享的文章是近期由,中科院何祖华研究员和美国俄亥俄州立大学/中国农业科学院植物保护研究所王国梁教授受邀在Annual Review of Plant Biology撰写题...
DESeq2 multiple group comparison (biostars.org)[https://www.biostars.org/p/357464/]说来也神...
说明:因为平台限制和平台广告等原因,今后的文章将不在简书更新,请移步并订阅个人博客 说明:因为平台限制和平台广告等原因,今后的文章将不在简书更新,请移步并订阅个人博客 说明:...
****今天来关注如何使用clusterProfiler系列包来分析GSEA** 导入包,导入数据 今天比昨天多导入了一个ReactomePA包,这个包也是Y叔开发用来分析R...
emapplot是富集分析可视化的一种,展示有共同基因的通路,详见://www.greatytc.com/p/c45cc2e3890f[https://www.ji...
clusterProfiler是业界大神Y叔写的R包,看过了它的绘图就会使人沉迷于其颜值无法自拔。本文很多内容直接翻译自官方文档,加上了我的测试数据(还是以果蝇为例)。 一、...
@研究僧小蓝哥 感谢
非模式生物基因GO富集分析:以水稻为例模式生物做什么都简单,非模式生物则很多缺少注释,没有注释你就没法做,只能是借助于各种软件比如blastgo,自己跑电子注释。但今天要讲的不是这种情况,很多物种还是有注释的,只...
原因还是一样,为了提高课题组科研效率这次就懒得放代码了程序效果如下: 已生成可运行的单个exe文件,请有需要的同学自行下载。如有转载请注明出处。链接:https://pan....
Everything 相信大家在累积了几年的科研数据以后,总会因为顺手将文件保存在电脑里,但是回头找的时侯,因为时间过去太久了,而找不到,给本就艰难的科研雪上加霜,十分的烦躁...