Formative pluripotency: the executive phase in a developmental continuum - PubMed (nih....
发简信
IP属地：山东
Formative pluripotency: the executive phase in a developmental continuum - PubMed (nih....
前言 在绘图时，如何搭配颜色，是一个很让人头疼的问题。今天要介绍的包 ggsci 能大大减轻我们的负担。 ggsci 提供了很多高质量的颜色搭配，其灵感来自于各种 SCI 杂...
本文是参考学习单细胞转录组基础分析二：数据质控与标准化[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzIyMzMwNDQ2MA==&mid=22474...
一、进入https://anaconda.org/ 查看，如果有，那就太方便啦！picard 就是有的！害，我白忙活了一下午 conda install -c biocond...
介绍 安装 1.下载homer文件 网址：http://homer.ucsd.edu/homer/download.html 下载其中名为configureHomer.pl的...
到了年根了，其实想总结一些之前的东西，其中cell2location很想再次分享一下，好好研读一下。 Cell2location 是一种有principled Bayesia...
一、 基本介绍 Trim Galore是对FastQC和Cutadapt的包装。适用于所有高通量测序，包括RRBS (Reduced Representation Bisu...
玩转单细胞(2):Seurat批量做图修饰[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5OTYzMzY5Ng==&mid=2247486164&i...
AnnData是python中存储单细胞数据的一种格式 1. AnnData数据结构： 主要包含四个slots：X contains the expression matri...
直接上一个例子 如果有大括号，就用两个， 制表符需要用两个斜杠\\t换行符\n也是这样 单引号和双引号 正常写就行
0_1 前言 有时间再详细写introduction。先把我分析数据的流程记录下来，后续持续更新。 0_2 用到的软件或脚本 测序数据质控：fastp[https://git...
单细胞转录组数据分析|| scanpy教程：预处理与聚类 单细胞转录组数据分析|| scanpy教程：PAGA轨迹推断 单细胞转录组数据分析|| scanpy教程：使用ing...
今天的笔记是关于另一种RNA测序的方法，称为TT-seq。其实这些测序方法在几年前被人们所使用了，但是因为自己并不了解这些知识，所以要慢慢的补起来。 文献题目：TT-seq ...
CytoTRACE是 2020 年发表在Science 上的一个trajectory 推断工具，其原理是基于一个经验性的观察，即基因表达数目和发育阶段的相关性，differe...
什么是CytoTRACE CytoTRACE（使用基因计数和表达的细胞（Cyto）轨迹重建分析）是一种计算方法，可根据单细胞 RNA 测序数据预测细胞的相对分化状态。Cyto...
在做monocle的时候，我们最纠结的地方莫过于确定细胞的起点了。如果是比较明确的分析知道起点，或者有参考文献，结合自己的生物学背景能够推断还好，可是如果自己一篇空白，该怎么...
pyscenic做为scenic的python版本，相比R版本实现了分析速度上的巨大提升，尤其是最耗时的共表达网络构建步骤。实测时间如下，数据集1 (4257 cell x ...
单细胞分群后，想看某些基因在不同cluster中的平均表达值，以及表达这些基因的细胞在不同cluster的占比。接触过Seurat的同学，应该都不会觉得难，因为在Seur...
默认情况下，conda 创建的新环境 以及过往安装的模块缓存都存储在用户目录下，这一点不会在 conda （user-specific）配置文件 $HOME/.condarc...