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植物转录因子研究 转录因子（TF）是一类具有特殊结构的蛋白质，也称为反式作用因子。通过与靶基因启动子区域的顺式作用元件特异性结合，行使调控基因表达的功能。典型的转录因子...
写在前面 最近在做一些序列分析，发现很久以前的一个看起来或许没啥用的功能，其实还是有用。大体就是，当我们在分析某个家族成员的时候，我们或许想知道，到底感兴趣的分支，相对于其他...
写在前面 半个月前，我推了一个《任何人都能掌握-基因家族分析》的腾讯课程（原本事实是开给课题组）。在热身课程（完全免费）中，将我个人对基因家族分析的认知和其意义均做了说明，感...
写在前面 很久很久以前，各种原因，我写过一个帖子，《零基础-完全重现某个基因家族分析文章（的分析部分）》 //www.greatytc.com/p/88075f6c...
写在前面 早些时候，TBtools中增加了唐海宝老师和王希胤老师早年的作品MCScan【注：当然事实上是MCScanX】的GUI Wrapper。这个工具事实上适用于多基因组...
写在前面 TBtools 基本涵盖了基因家族分析所常见的所有分析与可视化功能，其中最为独特的 莫过于 Gene Structure View (Advanced) 几乎覆盖了...
写在前面 目前，github 应是生信软件摆放的主流仓库。比如我们熟悉的TBtools， Seqkit，IGV等等。当然，甚至很多时候，我们会发现一些高水平的分析类文章直接讲...
放一张效果图，这些，三四年前的东西，我其实一直懒得说。 写在前面 “Gene Structure View (Advanced)”这个功能可以说，也是一时兴起写出来的。开发的...
一直以来，我们都会使用 FPKM 来表示基因的表达量。其公式如下 其中： X 为样本中当前基因被测到的片段数目 l 为当前基因的长度（事实上，最好是有效长度） N 为样本测序...
安装orthofinder 使用conda安装 安装软件前，先设置一个小环境，不要直接在自己账户的当前环境内安装软件；你可以创建很多小环境名，有的小环境坏了，你不要就可以了...
====环境和测试数据准备===== 需要先安装OrthoFinder，这个参考前面一个帖子。然后今天我们主要来测试CAFE。 安装也比较简单： 下载安装包之后 https:...
一、 写在前面 2023年4月中旬自己开始做基因家族的分析，对于这块自己没有接触过，因此也是一个挑战，没事！！！（安慰自己），对于基因家族的分析网上的教程很多，跟着步骤走就可...
主要是参考https://www.tinymind.net.cn/articles/64d36abc7fd091 首先我们拿到的是以下的材料 1. Blast比对 根据以下选...
