来源：Levine ME, Lu AT, Quach A, Chen BH, Assimes TL, Bandinelli S, Hou L, Baccarelli AA, ...
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上一步骤（第6篇：重复样本的处理——IDR）用IDR对重复样本peaks的一致性进行了评估，同时得到了merge后的一致性的peaks——sample-idr，接下来就是对p...
多目标求解会筛选出一个相对较优的解的集合，在这个集合里就要用到pareto找出相对优的解或者最优解。 多目标优化问题的数学模型一般可以写成如下形式: fig 2表示n个目标函...
R中的线性回归函数比较简单，就是lm()，比较复杂的是对线性模型的诊断和调整。这里结合Statistical Learning和杜克大学的Data Analysis and ...
写在前面，资料整合喽~感谢各位作者！ 转自：https://blog.csdn.net/D07Qs2KxkH0KkSxEx/article/details/79205022 ...
刘小泽写于19.3.30我们肯定都遇到许多利用坐标去处理范围信息的需求，比如要定位基因组的某个位置，这个位置可能代表了gene model 、genetic variants...
引言 methylKit是一个R软件包，用于分析和注释通过高通量亚硫酸氢盐测序获得的DNA甲基化信息。该软件包旨在处理RRBS及其变体的测序数据。但是，如果提供正确的输入格式...
太长不看系列 IRanges提供最简单的注释信息，起点，终点以及宽度（终点位置-起点位置） Granges和IRanges类似，但是具有染色体编号和正负链信息 废话超多系列 ...
methylKit 是一个用于分析甲基化测序数据的R包，不仅支持WGBS，RRBS和目的区域甲基化测序，还支持oxBS-sq, TAB-seq等分析5hmc的数据。 其核心功...
本文用于理解ROC曲线的定义，绘制过程及其应用实现，主要用于自我温习回顾基础 基本目录如下： 什么是ROC曲线？1.1 ROC曲线的历史1.2 ROC曲线的定义1.3 ROC...
从根本上说，MethylC-Seq技术实际上就是Bisulfite Sequencing (BS-Seq)方法的优化版本。或者谈不上优化，个人理解是两者面向的需要处理的基因组...
12年的陪读生活结束了，儿子也考上了最理想的大学，我们也在亲戚朋友之间确实风光了一把。老公常说儿子优秀，是因为我有才，我说是老公呵护的周到，我们一直相敬如宾。 送完儿子上大学...
了解什么是UMI，什么是barcode，再做分析之前，知道他们是在测序中引入，了解为什么引入即可。 看个简介的视频吧 从了解10X genomics开始陈巍学基因：http:...
帮助文档地址 https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/pipelines/l...
MLE（极大似然估计法）是一种非常有效的参数估计方法，但在概率模型中，有时既含有观测变量 (observable variable), 又含有隐变量(hidden varia...
简书行内公式出问题了，公式变的有些混乱了
EM算法：期望最大化算法EM算法：期望最大化算法 MLE（极大似然估计法）是一种非常有效的参数估计方法，但在概率模型中，有时既含有观测变量 (observable variable), 又含有隐变量...
