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这是ggplot2可视化专题的第三个实例操作 【ggplot2的基本思路见前文总论】：基于ggplot2的RNA-seq转录组可视化：总述和分文目录 【ggplot2绘图具体...

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1.前言 目的：调整由于技术，如处理、上样、预分、仪器等造成的样本间误差。这实际上是一种数据缩放的方法。一般在一个表达矩阵中，会涉及到多个样本，其表达量差异比较大，不能直接进...

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1. 两种基因功能富集方法介绍 名词解释：1. 基因功能富集分析：包括过表达分析ORA、功能分类打分FCS、基于同路拓扑结构PT和基于网络拓扑结构NT和基因富集分析GSEA。...

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clusterProfiler是业界大神Y叔写的R包，看过了它的绘图就会使人沉迷于其颜值无法自拔。本文很多内容直接翻译自官方文档，加上了我的测试数据（还是以果蝇为例）。 一、...

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这篇文献阅读笔记比较长，属于CUT&RUN比较早的一篇综述了。是2017年发表在eLife上的。这篇文章通过把CUT&RUN与ChIP等方法从各个方面进行了比较，详细的说明了...

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写在前面：新手老菜鸟，个人心得，不足之处欢迎交流指正；写作不易，转载前请联系我征得同意，谢谢。 1.基本原理 1.1 概述 全称：DESeq2 package for dif...

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关于相关性，表示数据之间的相互依赖关系。但需要注意，数据具有相关性不一定意味着具有因果关系。 相关性在组学数据挖掘中应用非常广，如样本的重复检验、基因的共表达分析、微生物群落...

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转录组学习一（软件安装） 转录组学习二（数据下载） 转录组学习三（数据质控） 转录组学习四（参考基因组及gtf注释探究） 转录组学习五（reads的比对与samtoo...

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之前有一次，我导说“能不能把这些基因按顺序画在果蝇的染色体上”，因此，我寻找了一些实现这个需求的方法。经过一番奇奇怪怪的操作之后，最终用ggplot2画了。。。其它方法简单地...

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DEseq2筛选差异表达基因并注释(bioMart) DESeq2对于输入数据的要求1.DEseq2要求输入数据是由整数组成的矩阵。2.DESeq2要求矩阵是没有标准化的。D...

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对于非模式生物或者无参考基因组的项目，经常需要进行基因的功能注释，而GO注释是基因功能注释的重要部分。有很多软件能够获得GO注释的信息，例如interproscan、eggn...

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Interpro数据库 Interpro是集成了蛋白质家族、结构域和功能位点的非冗余蛋白质特征序列数据库， Interpro数据库成员包括Coils 、Gene3D、Pfam...