严格意义上说遗传进化中的群体结构应该包括PCA、群体进化树和群体STRUCRURE，传统的PCA和群体进化树只能直观的了解群体中个体的分类关系，但无法解释群体间具体的分群数目...
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严格意义上说遗传进化中的群体结构应该包括PCA、群体进化树和群体STRUCRURE，传统的PCA和群体进化树只能直观的了解群体中个体的分类关系，但无法解释群体间具体的分群数目...
原文链接：全基因组关联分析数据分析流程 | Boer's Notebook (chipcui.top)[https://blog.chipcui.top/archives/%...
@过路客 看了ragtag的文档，他说的是至少需要 2 个agp文件，另一个应该是scaffold 序列与Hi-C数据scaffolding 产生的AGP文件
基于参考基因组的基因组组装和注释将基因组组装到染色体水平无非就是两种方式： 独立组装（de novo）； 基于参考基因组的组装（reference-guided），即基于近缘或同一物种的基因组染色体同源性进...
什么是组间差异检验？就是组间的差异分析以及显著性检验，应用统计学上的假设检验方法，检验组间是否有差异及其差异程度。坦率地讲，所有的差异检验都基于一个假设：组间没有差异，变量之...
@小范809 一个是开始的contig，另一个是scaffold
基于参考基因组的基因组组装和注释将基因组组装到染色体水平无非就是两种方式： 独立组装（de novo）； 基于参考基因组的组装（reference-guided），即基于近缘或同一物种的基因组染色体同源性进...
@莫欺_d02a 这些仍然适用。最新的可以参考Major Impacts of Widespread Structural Variation on Gene Expression and Crop Improvement in Tomato中的SV鉴定方法
基因组结构变异检测工具的整合前言 从原核到真核，几乎所有生物的表型变异，环境适应和物种形成都与基因组间的结构变异有关。而关于结构变异检测的工具也有很多，几乎都是基于二代测序数据。然而，由于不同的工具针对...
将基因组组装到染色体水平无非就是两种方式： 独立组装（de novo）； 基于参考基因组的组装（reference-guided），即基于近缘或同一物种的基因组染色体同源性进...
鸽了好久，这段时间一直忙于毕业论文、投文章、博士申请和课题设计，总算都有了着落。今儿这内容也是实验室有需要就做了一下，前面加Barcode、混池测序就不说了，很多公司都清楚，...
还好，相比虚拟机占用资源小多了
Win10上体验Linux子系统--Linux虚拟机的完美替代方案其实在云计算领域，微软很早之前就让其 Azure 支持多个流行的 Linux 发行版，但对于普通用户而言，真正的变化发生在后面的 Windows 10：微软宣布将会在 Win...
00 写在前面 测序后公司交付数据时，一般会提供质控后的clean data和后续的基础分析结果。因为可能需要自己来进行数据的预处理，记得一定要拿回raw data，同时弄清...
shenwei爪哥开发的处理Fasta/Fastq文件的万能工具。之前处理fq/fa文件时花时间写的一些脚本发现在seqkit里直接能一行命令就解决。实在是提升效率，整合流程...
基本awk和sed命令 从文件中提取2，4，5列： 输出第五列中包含abc123的行： 输出第五列中不包含abc123的行： 输出第七列中符合正则表达式规则（以a-f中任一字...
在2019年的一篇NG文章"Resequencing of 414 cultivated and wild watermelon accessions identifies ...
SURVIVOR 是一套用于模拟/评估 SV、合并和比较样本内及样本间 SV 的工具集，其还可对SV进行重新格式化及进行统计总结，其他详细信息也可参考工具的wiki。 安装 ...
不同的结构变异（structural variation，SV）鉴定工具鉴定出的VCF结果文件格式不尽相同，但也不是完全没有规律可循，主要的格式就有两种，分别是： BND n...
在上一篇中我们非常简单地介绍了在 C 语言中嵌入 mpi4py 程序的方法。 前面我们所给出的各个例程一般都是在单台计算机上直接使用 mpiexec 或 mpirun 执行的...
利用云服务搭建blast服务 使用Apache2 rewrite 重定向主页 sequenceserver 界面更为美观的blast网页应用 使用 apache2设置访问密码