DumplingLucky

您好，请问这个关联分析的阈值应该如何确定呢？

潜在因素混合模型：LFMM—— R包lfmm

在自然群体（区别于强人工选择）中，如果我们感兴趣的数量性状表现出与特定的地理环境变量有高度的关联性，随着环境变量的改变而变化，则这些环境变量往往反映了环境作用于个体表型的选择...

Wei_Sun

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DumplingLucky

TASSEL是最早出现的用于动植物关联分析的软件，还可以对进化模式以及连锁不平衡进行评估，功能非常强大，要说缺点，可能就是真的有点慢。 表型数据处理在下面这篇帖子中有介绍，这...

DumplingLucky

你好我想请教一下这个marker-rsq是表示这个位点的贡献率吗，等同于其他软件，比如说GCTA中的beta值吗？有tassel GWAS的其中一个结果文件*mlm3里面有每个位点不同allele的effect size，这个又衡量的是什么呢？期待感谢您的回复。

9.2 GWAS：关联分析——TASSEL（GLM/MLM/CMLM)

TASSEL是最早出现的用于动植物关联分析的软件，还可以对进化模式以及连锁不平衡进行评估，功能非常强大，要说缺点，可能就是真的有点慢。 表型数据处理在下面这篇帖子中有介绍，这...

Wei_Sun

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DumplingLucky

@点点_16b5 包含两列，一列是chr(列名)，一列是end(列名）

pi, Fst, dxy, fd的计算

有许多不同的统计量可以衡量差异选择的区域或基因渗入障碍的区域。这里介绍常用的四个统计量的计算： pi, 衡量遗传多样性 Fst, 衡量群体分化程度 dxy, 对核苷酸多样性绝...

DumplingLucky

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DumplingLucky

这个文件可以自己构建，就是一个包含染色体长度信息的文件

pi, Fst, dxy, fd的计算

有许多不同的统计量可以衡量差异选择的区域或基因渗入障碍的区域。这里介绍常用的四个统计量的计算： pi, 衡量遗传多样性 Fst, 衡量群体分化程度 dxy, 对核苷酸多样性绝...

DumplingLucky

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DumplingLucky

可视化是一个重要工具，但是我们需要把数据整理成正确的形式来进行可视化。 通常，需要创建一些新的变量或摘要，或者重命名变量或对观察值进行重新排序，以使数据可视化起来更容易一些。...

DumplingLucky

@wow咪来哆 可以，基因型是一个分类变量，把indel设置成一种新的变量就可以了，比如说3

基于Vcf文件进行基因单倍型分析

单倍型，是单倍体[https://baike.baidu.com/item/%E5%8D%95%E5%80%8D%E4%BD%93/304058]基因型的简称，在遗传学上是指...

DumplingLucky

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DumplingLucky

sorry, 有的内容我没试过，Command + Option + 拖拽文件 可以，我更新一下

Mendeley文件管理

Personal Web Space 每个人注册了Mendeley账号之后都可以获得免费的2G云盘（Personal Web Space），需要额外的空间则需要升级账号。点击...

DumplingLucky

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DumplingLucky

@Lisa_940c 你可以检查一下你的输入变量是不是对应，检查行列数，数据类型等

基于Vcf文件进行基因单倍型分析

单倍型，是单倍体[https://baike.baidu.com/item/%E5%8D%95%E5%80%8D%E4%BD%93/304058]基因型的简称，在遗传学上是指...

DumplingLucky

20537 16 71