简介 plot1cell包提供了多种单细胞数据可视化的高级功能，可以基于Seurat分析结果对象直接进行可视化绘图，主要依赖于Seurat V4，circlize，Compl...
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简介 plot1cell包提供了多种单细胞数据可视化的高级功能，可以基于Seurat分析结果对象直接进行可视化绘图，主要依赖于Seurat V4，circlize，Compl...
一、ScaleData()简介 单细胞基因表达counts矩阵数据经过NormalizeData()归一化处理后，还需要进行scale标准化。ScaleData()[http...
前言 学习shell脚本ing…… 本章关键词 全局、局部环境变量；PATH变量；创建变量；系统启动文件和本地启动文件；定制环境变量；数组变量。 目录 1.环境变量及创建自己...
前言：学习写shell脚本ing…… 本章概要： 多命令分号分开 ,创建shell脚本,美元符引用变量，变量赋值， 反引号或$()捕获命令输出，大于号重定向输出结果，双大鱼...
最新更新，解决大部分安装问题
###看安装在那个文件夹
.libPaths()
#看已经安装的
#installed.packages()
#看能安装的
#available.packages()
#卸载某个包
#remove.packages()
#安装Bioconductor
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
#一语句安装,当前一条行不通，再下一条
install.packages()
#此为bioc安转例子
#检查是否安装Bioconductor成功
BiocManager::available()
#下载所需的RTCGA包
library(BiocManager)
BiocManager::install('RTCGA')
#安装TCGA相关包
BiocManager::install('TCGAbiolinks')
BiocManager::install('GenomeInfoDbData')
library(GenomeInfoDb)
(.libPaths())
library(TCGAbiolinks)
install.packages('GenomeInfoDbData')
R包安装3种来源及错误汇总（留言不断更新……） 如果把R比作操作系统，那么R packages就是系统中各种软件，这些软件能够处理各种数据。 推荐镜像这样设置下载快点（cran为清华镜像，bioc为中科大） ``` o...
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IlluminaSequencingbySynthesis(合成测序) https://www.bilibili.com/video/av65485492/ 结合上面视频更...
WGCNA笔记第三弹 WGCNA分析原理 WGCNA应用场景 WGCNA分析实践 本代码借鉴了生信技能树的WGCNA教程以及PlanTech的WGCNA课程编写，转载请注明出...
前言 目前的课题是10X单细胞测序(植物方面)，之前已经把所有的流程基本走过一遍，现在就将自己的学习过程整理成笔记给大家分享一下，我在学习单细胞分析的时候主要跟着单细胞天地的...
生信技能树单细胞数据挖掘笔记(1)：数据读入[https://www.zhouxiaozhao.cn/2020/10/24/ScRNAseq(7)/] 生信技能树单细胞数据挖...
前言 本次主要使用Seurat比较STAR与Cellranger的输出结果，只会进行简单的聚类工作。 数据读入 数据比较 根据箱线图，直方图和矩阵的基本信息，可以看到STAR...
前言 最近有幸加入生信技能树的单细胞数据挖掘尝鲜群[https://mp.weixin.qq.com/s/3XyA-DXRzL8JuJlnV3LW0Q],借此机会给大家分享一...
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在看完seurat官方分群教程后 https://satijalab.org/seurat/v3.0/pbmc3k_tutorial.html 感觉又收获很多东西，决定写下...
