Counts值 对给定的基因组参考区域,计算比对上的read数,又称为raw count(RC)。计数结果的差异的影响因素:落在参考区域上下限的read是否需要被统计,按照什...
Counts值 对给定的基因组参考区域,计算比对上的read数,又称为raw count(RC)。计数结果的差异的影响因素:落在参考区域上下限的read是否需要被统计,按照什...
1.下载数据过滤软件fastp 2.使用fastp初步过滤数据 软件基本用法 一般我们需要处理的数据都有几十个,fastp过滤一个数据大约需要几十秒,一个一个的逐一键入代码去...
最近需要下载一批GSA数据,数据存放在国家生物信息中心GSA数据库中,比如我需要下载的数据为CRA008542,我们一般要到GSA数据库内搜索才能直达下载链接(图1)。 点击...
许多时候我们会有一些对模型结构进行修改的需求,这个时候如何进行模型改进就成了我们的问题,接下来我的流程中将会介绍如何替换YOLOv8的优化器。 1. 首先准备代码 比如我要将...
一、主要结果 二、结果可视化与后续分析建议 置换检验(Permutation test) bonferroni threshold 和 FDR 看我之前的简书文章有解释 受...
http://dalexander.github.io/admixture/admixture-manual.pdf[http://dalexander.github.io/...
没遇到过这种问题...具体的问题是怎么样的?
racon+pilon进行三代+二代数据纠错现在基因组组装的流程一般是用nextdenovo直接组装三代数据,但是三代数据组装出来一般都会有一些问题,所以要对初步组装结果进行纠错。具体流程是先使用三代数据纠错,再使用二...
@萝北北呗 可以去掉的
mafft+iqtree构建进化树mafft可以用来进行快速的序列比对,因为其可以设置多线程。具体的命令行如下: 接下来等着运算完就可以使用iqtree来建树了,具体命令行如下: -b指代的是bootstra...
关于该软件的计算可选参数以及结果文件的解读,见前三篇分享: 序列比对软件 MUMmer 快速上手(一)[//www.greatytc.com/writer#/not...
前50行,用head 后50行,用tail 中间50行,用sed
首先是用gffread提取cds序列,蛋白序列,转录本序列 接下来我们利用组合工具来提取mRNA,和gene序列 注意用bedtools提取序列,要加-s 参数(能区分正反链...
GenomeScope 是2017年发表在 bioinformatic 的一个工具,这个工具的目的就是处理一些高复杂度的基因组,比如说高杂合度或者基因组非常大的物种。Geno...
这种图怎么看呢?求大神指点
前言 近期维护一个项目,代码是纯html写的,对于一个习惯了vue开发的人来说,纯html太痛苦了,不能使用双向绑定,不能使用组件,每次开发新功能,都非常的恶心;幸好,有一个...
@fanren 有个问题,你这个是怎么解决跨源请求报错的,我一直报跨源请求错误。
Html项目使用vue前言 近期维护一个项目,代码是纯html写的,对于一个习惯了vue开发的人来说,纯html太痛苦了,不能使用双向绑定,不能使用组件,每次开发新功能,都非常的恶心;幸好,有一个...
这是Vue2还是Vue3啊?
Html项目使用vue前言 近期维护一个项目,代码是纯html写的,对于一个习惯了vue开发的人来说,纯html太痛苦了,不能使用双向绑定,不能使用组件,每次开发新功能,都非常的恶心;幸好,有一个...
MUMmer出现的历史背景测序技术刚开始发展的时候,大家得到的序列都是单个基因的长度,所以一般都是逐个基因的比较,用的都是BLAST或FASTA通过逐个基因联配的方式搜索数据...