一、背景简述 肿瘤微环境（Tumor micro-environment, TME）是指肿瘤细胞周围异于正常内环境的微环境，具有缺氧、慢性炎症及免疫抑制的三个特征。TME 包...
IP属地：上海
一、背景简述 肿瘤微环境（Tumor micro-environment, TME）是指肿瘤细胞周围异于正常内环境的微环境，具有缺氧、慢性炎症及免疫抑制的三个特征。TME 包...
KEGG pathway 注释整理 获得KEGG注释 通过eggnog-mapper和interproscan两个软件(或数据库)，可以获得KEGG ORTHOLOGY(KO...
介绍 凭借经济高效的全基因组测序和广泛公开的数据，新一代生物信息学方法进入了超高通量领域。例如，最近发表的覆盖度超过30x的 10 多个小麦基因组的组装或用泛基因组取代单一参...
适用背景 在单细胞分析中，必要的一步是对每个细胞进行注释，这相当于给每个细胞打个标签，或者说起个别名，这些信息都存在@meta.data信息里，所以不用特意去更改细胞名字，S...
可以再win10 的Linux 子系统上装上述软件，也可以在win10 安装Anaconda3 后在cmd 中运行。不过建议还是在集群或者超算上运行，比对分析挺费资源且需要大量的时间。
MISO 可视化学习miso是一个可变剪接可视化软件，对mRNA水平或者外显子水平的可变进行可视化； 官网 https://miso.readthedocs.io/en/fastmiso/#vi...
cell maker cancer cells:EPCAM, CD24, SOX4, KRT18 T cells: CD2, CD3D, TRAC, TRBC2 Treg...
每次解决一个小问题，久而久之，你就解决了一个大麻烦： 单细胞比例的展示，常见的是堆叠柱状图，但是有一个小问题，比较上不明显，那么如果将文字比例添加到图上，那么就一目了然了。使...
作者，Evil Genius 最近见到了很多研究者，真的是不把单细胞轨迹分析当回事，拿到样本不定义直接跑monocle，这能对么？我看了都着急，基本理论要多多学习啊~~~，网...
@李丹扬 感谢，我也在github上找到了一些早期的函数具体信息。其他网友也反馈了这个情况，作者正在重构R包。
基于单细胞测序的蛋白活性推断（PISCES）分析流程笔记，凎！写在前面 感谢califano-lab[https://github.com/califano-lab]团队将代码无私的分享出来=。=！ 本流程需要一点点R语言与linux基...
我也在测试中遇到了这个问题，请问您是如何解决的？我想是不是软件包迭代后这个函数变了，或者其他原因？
基于单细胞测序的蛋白活性推断（PISCES）分析流程笔记，凎！写在前面 感谢califano-lab[https://github.com/califano-lab]团队将代码无私的分享出来=。=！ 本流程需要一点点R语言与linux基...
一般在conda创建的环境中，安装R软件是安装在 miniconda3/env/your_env/lib/R/library 目录，但是后期在安装其他软件时，会在 家目录下创...
你这是误人子弟啊，真正的原因亲测是没有安装BiocParallel包。最初的报错是找不到register函数，而不是无法多核运行，之前手撸RcisTarget的时候测试过win10上用R是可以多核运行的，另外源码里调用register函数前一行就是library(BiocParallel)...
第一种，在EBI 查找，https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home[https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/ho...
单细胞技术正在加强我们对细胞本身的理解。什么是细胞类型，不就是基因选择性表达的结果吗？而基因的选择表达受到一系列的转录调控，在这个意义上，细胞命运背后的驱动力在于各自转录因子...
