问题1：使用snippy用于fasta序列的文件SNP calling。发现结果中core.full.aln中，有开头100bp和结尾的100bp被标记为NN >JN5803...
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问题1：使用snippy用于fasta序列的文件SNP calling。发现结果中core.full.aln中，有开头100bp和结尾的100bp被标记为NN >JN5803...
@wangchorman 在 ] 前面加，逗号+空格+单引号需要添加的项，后面再同样方式接该项的值，如 , '--threads', '4' ])
autoprokka:使用prokka批量注释autoprokka.py这个Python脚本可以方便地批量地使用prokka去进行注释，自动按照输入文件名去命名输出文件，并且每个样本单独一个文件夹存放注释后结果，.gff...
最近写了一个snakemake流程，方便自己跑SNP分析。目前还是需要手动编辑一个文件表，剩下就是直接等着收树文件了。 安装 首先克隆git clone https://gi...
@无挂勿念 你是不是自己加了别的参数呢，不加试试吧...
autoprokka:使用prokka批量注释autoprokka.py这个Python脚本可以方便地批量地使用prokka去进行注释，自动按照输入文件名去命名输出文件，并且每个样本单独一个文件夹存放注释后结果，.gff...
@易ylf 改执行的命令那里，注意格式
autoprokka:使用prokka批量注释autoprokka.py这个Python脚本可以方便地批量地使用prokka去进行注释，自动按照输入文件名去命名输出文件，并且每个样本单独一个文件夹存放注释后结果，.gff...
刚与一师兄聊了几句，大体关于说话做事。说得直白点，或许就是「学会隐藏自己的想法」。这大半年过去，我不时也会与朋友聊到相关话题。世事无常，大多人与物并不以我们意志为转移。事实上...
mRNA-seq上中游分析需要用到Linux系统的terminal！ 尽管TCGA数据库中已经提供了大量的处理好的表达矩阵数据，但是无论是自身实验需要，还是从NCBI的GEO...
GBKviz 是一个基于 web 的 Genbank 数据可视化和比较工具，使用 streamlit web 框架开发。 GBKviz 允许用户在用户指定的基因组区域（PNG...
@5050093bd92d 软件运行方面没问题，完成图不完成图都可以，就是不同组装水平的基因组对结果是有一定影响的。
我的SNP calling和核心SNP(core SNP)聚类分析流程个人进行SNP分析用的软件是snippy[https://github.com/tseemann/snippy]，主要是可以一次批量完成。准备工作：1.待分析的序列文件（fa...
不知道大家知不知道现在Word很早之前开始已经可以打开PDF文件了，随意打开一篇文献： 进入了可编辑的状态，可以直接另存为一份为docx格式，可以尽情做标注什么的，读文献应该...
@83a31eeb2e3b 啊这，默认是不用输进去的...只是提示你默认是这个...
win11下Ubuntu子系统迁移D盘历程以及遇到的问题由于C盘快爆满，将子系统迁移至D盘。直接用系统自带的命令进行迁移。右键开始图标，打开Powershell。 输入以下命令： 显示你当前安装的子系统，我只有一个"Ubuntu"...
准备 1.基因组序列下载与注释，使用prokka进行注释，获得gff文件。参考我前一篇：autoprokka:使用prokka批量注释 - 简书 (jianshu.com)[...
@周祺_7e33 用cp命令
win11下Ubuntu子系统迁移D盘历程以及遇到的问题由于C盘快爆满，将子系统迁移至D盘。直接用系统自带的命令进行迁移。右键开始图标，打开Powershell。 输入以下命令： 显示你当前安装的子系统，我只有一个"Ubuntu"...
@哈尔滨小王子 不行
autoSeqMan:批量Sanger测序结果处理、拼接昨天送样的sanger测序结果返回来了，可是看着ab1文件和seq文件我就有点头疼，一个一个来处理肯定是不适合我这个懒人的，一定要来批量处理的，于是乎找到了autoSeqMa...
@直球选手 这个有resfinder的数据库可以blast，看耐药基因😀
细菌测序后想要查找其携带的毒力基因和耐药基因？ABRicate我觉得还行细菌测序组装完成后，想要查找菌株携带的已知的毒力基因和耐药基因，我首推使用ABRicate推荐使用conda安装：conda install abricate安装完成后，运行...
最近重新安装Snippy进行SNP分析时，发现一开始就报错了，查看日志中发现提示没有安装bcftools，可是用conda装的欸怎么可能会漏软件呢，然后就试着运行一下bcft...
承接上一篇，最近在导出环境时，顺带把circos的环境所安装的所有包导出了，复制下面内容，保存为circos.yaml文件，运行：conda env create -f ci...
核心基因提取：prokka、roary和TBtools的联合运用首先，下载好基因组的完成图（自己的也行，只要确保测序质量够好），先用prokka注释完获得*.gff文件（批量可以参考我之前的文章用autoprokka执行），将gff文件放...
@sj2636568060 一般，会建一个文件夹，存放fasta文件，然后在这个文件夹外面运行，输入文件夹指定这个存放fasta的文件夹
autoprokka:使用prokka批量注释autoprokka.py这个Python脚本可以方便地批量地使用prokka去进行注释，自动按照输入文件名去命名输出文件，并且每个样本单独一个文件夹存放注释后结果，.gff...