Shotgun sequencing测到的reads数每个样本一般都不会相同的，但测序又没办法绝对定量，所以只能假定每个样本的总体菌群的数量是一致的，然后比较每个genus/species的相对丰度。我创建的矩阵可以认为是raw abundance data，需要做数据转换才能进行下游分析
微生物组数据的centered log-ratio transformation在分析肠道微生物数据中，一般会对数据进行一定的转换，以使数据尽可能的服从正态分布。常用的方法有Centered Log-ratio (CLR) transformation...
微生物组数据的centered log-ratio transformation在分析肠道微生物数据中，一般会对数据进行一定的转换，以使数据尽可能的服从正态分布。常用的方法有Centered Log-ratio (CLR) transformation...
我还没看到有这个功能，你可以再查查其他方式
R语言一键制作Table 1，就是这么简单！转自医学方 2019-07-4 Alexander 流行病学或者医学论文中，对研究对象基本情况的描述通常以表格的形式进行，并且放在结果部分的开头，即Table 1，主要内容是...
跟着Cell学作图|10.复杂热图 “实践是检验真理的唯一标准。”“复现是学习R语言的最好办法。” DOI: 10.1016/j.cell.2020.05.032[https...
今天我们复现一幅2020年发表在Cell上的热图。 DOI:10.1016/j.cell.2020.07.009 22 读图 将不同样本的基因表达情况用热图展示并将倍数变化条...
@Zukunft_Lab 谢谢
微生物组数据的centered log-ratio transformation在分析肠道微生物数据中，一般会对数据进行一定的转换，以使数据尽可能的服从正态分布。常用的方法有Centered Log-ratio (CLR) transformation...
曼哈顿图的名字来源是因为其形如曼哈顿的天际线：高耸在较低高度的“建筑物”上方的摩天大楼的轮廓。主要用于GWAS结果的展示，今天让我们来看看如何绘制曼哈顿图。 什么是曼哈顿图 ...
GEMMA（Genome-wide Efficient Mixed Model Association algorithm）是一款基于混合线性模型的GWAS分析软件（文献信息...
在通过U盘或光盘安装Win10系统时，不少用户遇到无法安装的问题，提示“无法在驱动器0的分区1上安装Windows”，格式化分区1也不能解决，进而提示Windows无法安装到...
Conda install libgfortran5后解决了
GEMMA调用时bug修复我在Win10的Ubuntu子系统中使用conda安装了gemma（v0.98.3）软件，调用软件时出现问题，显示： 具体是什么原因导致的，没有细究。经过网上检索，发现了解决...
没有root权限，没办法使用sudo，请问知道怎么解决吗？谢谢
GEMMA调用时bug修复我在Win10的Ubuntu子系统中使用conda安装了gemma（v0.98.3）软件，调用软件时出现问题，显示： 具体是什么原因导致的，没有细究。经过网上检索，发现了解决...
在分析肠道微生物数据中，一般会对数据进行一定的转换，以使数据尽可能的服从正态分布。常用的方法有Centered Log-ratio (CLR) transformation...
突然间发现，我一做热图就用pheatmap几乎不存在第二个选项了。是时候跑一遍pheatmap的demo了. Examples scale是一个值得注意的参数，它旨在说明你想...
当我们分析几个因子对结果的影响，预测结局时候，往往需要用到森林图显示多元回归的结果，可以先用spss进行多元回归分析，得出的结果文件画森林图 一.加载包，整理需要画的文件和需...
####森林图绘制 forestplot #### A practice for forest plot ##set your working directory workd...
快捷键启动印象笔记win客户端的方法： 菜单栏-工具-选项-热键-在印象笔记中搜索，按这个快捷键（我设置的F6）就可以从后台快速的启动大象客户端了。
摘要肠道微生物能够产生上百种的小分子，这些小分子在宿主循环中有较高的浓度。揭示每个小分子对宿主生物的贡献仍然存在难题。我们开发了一个在Clostridium spp.中构建清...
合理性：肠道菌群的组成改变与心血管疾病（CVD）相关，但是它们与宿主的代谢和免疫的功能相关性与CVD的发生是否相关仍不清楚。目标：在存档完好的队列中综合评估微生物组、血清代谢...
