这里是佳奥,我们继续RNA-Seq分析的结果探究。 第三步,DEG-差异分析。 1 RNA-Seq结果分析:DEG 归一化后表达量成一条线了。 2 ChIP-Seq结果分析:...
这里是佳奥,我们继续RNA-Seq分析的结果探究。 第三步,DEG-差异分析。 1 RNA-Seq结果分析:DEG 归一化后表达量成一条线了。 2 ChIP-Seq结果分析:...
这里是佳奥! 获得了比对的bam文件,生成了index的bai文件,生成了比对结果stat文件。 合并bam文件和去除PCR重复没有严格先后顺序,是否必要根据文章决定 1 合...
在讲具体用法之前,先来讲一下为什么要合并bam文件 原因:假设我们有10个样本,大部分样本的测序量为2G(随便说的),但有一两个样本他们测序量为几百M,这个 时候...
minimap2是我们在基因组分析过程常用的一种工具,但是它的参数很多很复杂,现在我将各项参数的内容和用法进行解析。 实例(polish 第一步)
三代测序数据简单分析 原创 saber universebiologygirl 简单介绍: 三代测序技术读长较长,针对比较小的基因组像只有16kbp的人类线粒体DNA(mtD...
写在前面 最近,带一个师妹了解并做了简单的基因组组装工作,感觉其上手速度还可以。慢慢地有初窥生物信息学数据分析门径的样式,于是....还是鼓励她整理整理流程,分享分享(其实....
wtdbg2软件介绍 wdbg2能利用三代Pacbio 或 Nanopore 测序数据进行基因组组装。在组装过程中,软件将reads打断成长度为1024 bp的片段(类似km...
我也认为长读长测序是 RNA 测序的未来!随着价格的降低和碱基质量的提升,传统的二代RNA-seq会被逐渐取代。 很多物种的转录本非常多样和复杂,绝大多数真核生物基因不符合“...
ChromHMM教程ChIPseq教程从这个网站下载数据,放在Bed_input文件夹里面。同时按照上述教程制作与下载的bed文件同样名字的cellmarkfile.txt文...