简介 scCustomize是一个单细胞转录组数据可视化的R包，里面集合了一些常用的数据可视化方法，可以与Seurat包进行很好的联用，支持Seurat，LIGER和SCE等...
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简介 scCustomize是一个单细胞转录组数据可视化的R包，里面集合了一些常用的数据可视化方法，可以与Seurat包进行很好的联用，支持Seurat，LIGER和SCE等...
最近看到很多关于scType的推文，听说注释的效果还不错，对于我这种生物学背景薄弱的人来说简直是及时雨，特地学一下。scType相关文件下载地址：https://github...
单细胞富集分析系列： 单细胞之富集分析-1：单细胞GSEA分析流程[//www.greatytc.com/p/00f069cb239c] 单细胞之富集分析-2：批量...
官方推荐使用SRATOOLKIT，那义无反顾的就用它吧 准备篇 首先：打开官网 NCBI SRA Tool Kit下载最新的SRA版本软件，有四种平台软件可选。注意自己下的版...
自用学习 整合后的assay有两个 一个是RNA 有29738个基因，一个是integrated 有2000个基因 默认的assay（activate.assay）是aint...
关于单细胞气泡图的做法，我们写过很多很多，但是这些图基本上都是利用Seurat提取了数据，然后在ggplot2中完成的。因为Seurat包中的DotPlot函数的底层就是gg...
之前我们写过GO、KEGG的富集分析，,演示了差异基因KEGG或者GO的分析流程。其实差异基因的富集分析输入的文件只需要一组基因就可以了。所以我们发挥了专治懒病的优良传统，将...
背景介绍 最近，一位师兄问我有哪些输出单细胞大数据矩阵的方法，于是趁机整理了一下我平时遇到的保存单细胞矩阵的有关脚本，总共有四个方法，分别保存为csv.gz、loom、h5和...
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