链接记录： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7961889/ https://hifiasm.readthedocs...
IP属地：福建
链接记录： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7961889/ https://hifiasm.readthedocs...
@自己画饼的小Y 目前的用法是python *.py $infile, 如果你想自定义输出，改一下infile = sys.argv[1]这行以及代码中的输出文件
使用DSS做差异甲基化区域（DMR分析）DSS是一个可用于做RNA-seq差异表达分析或甲基化差异分析的R包，在做差异甲基化分析时，DSS对每个CpG进行统计检验，然后根据我们指定的阈值可以筛选出差异甲基化位点（d...
MSCquartets是一个R包，可以对物种树进行假设检验，基于多物种溯祖模型（Multispecies Coalescent model）推断物种树和物种网络。quarte...
1.Busco完整度评估； 2.测序深度、覆盖度评估； 2.1使用samtools计算每个位点的测序深度 a) bwa比对b) samtools depth -a *.bam...
BLAT（BLAST-Like Alignment Tool）是Jim Kent开发的一个类Blast的比对工具，有以下几个优点：1.比对速度快；2.可以把小的比对区域（例如...
你好，请问解决了吗，我的理解是后面一步的deduplicate_bismark会去除重复比对
使用bismark进行甲基化分析并使用IGV对结果进行可视化Bismark是进行甲基化分析过程中常用到的软件，可以将bisulfite处理后的测序reads比对到参考基因组上，得到参考基因组相应位置的甲基化水平。 我的甲基化数据为WG...
step1：将fasta均分为N个文件，每个文件序列数目相等 参考这篇文章：https://blog.csdn.net/whiteof/article/details/123...
step1.选择python版本创建小环境 export PATH=/home/appl/anaconda3/bin:$PATHconda create -n python2...
您好，请问可以分享一下拟南芥那篇文章吗？谢谢！
植物甲基化位点状态的判定（bismark之后，call DMR之前，二项分布与FDR校正）狂躁的两天，什么都不想干。写点东西吧。 甲基化原始数据在质控和mapping之后，需要进行状态的判定，也就是说extract出的这些位点发生甲基化可信度有多高，有没有需要过滤...
@寒山梦绮 客气
使用DSS做差异甲基化区域（DMR分析）DSS是一个可用于做RNA-seq差异表达分析或甲基化差异分析的R包，在做差异甲基化分析时，DSS对每个CpG进行统计检验，然后根据我们指定的阈值可以筛选出差异甲基化位点（d...
@寒山梦绮 您好，--cytosine_report默认输出CpG的内容，我想应该是加一个--CX/--CX_context参数？
使用DSS做差异甲基化区域（DMR分析）DSS是一个可用于做RNA-seq差异表达分析或甲基化差异分析的R包，在做差异甲基化分析时，DSS对每个CpG进行统计检验，然后根据我们指定的阈值可以筛选出差异甲基化位点（d...
