简介 Drug2Cell 是用于scanpy中基因组活性评估的效用函数的集合，既用于每个细胞评分，也用于基于标记的富集/过表示分析。Drug2cell利用已建立的方法，并以方...
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简介 Drug2Cell 是用于scanpy中基因组活性评估的效用函数的集合，既用于每个细胞评分，也用于基于标记的富集/过表示分析。Drug2cell利用已建立的方法，并以方...
@我们一起舔过铁栏杆 您好，原文章指出都大于0.9是最好的，但是在张泽民老师泛癌NK那个文章中，大部分细胞类型ROGUE 值都大于0.8，但也有一个细胞类型在0.75一下。我个人感觉整体在0.8以上也可以接受，当然值越大纯度越高更好，但是还得结合具体的问题考虑。
ROGUE： 细胞亚群纯度评估在多篇高分文章中都出现了评估细胞亚群纯度的内容，用到的是张泽民团队的ROGEU包。提出了一个基于熵的统计量(ROGUE)来准确地定量鉴定的细胞团的纯度，可应用于所有测试的sc...
@Ying_41b7 c和t分别代表对照组和实验组哈~
TEtranscripts安装及使用大全（202406）本文主要介绍TEtranscripts，常用于转座子研究。官网：https://github.com/mhammell-laboratory/TEtranscripts/[h...
《动物学科学研讨》课程老师让介绍一种测序技术，及其在动物学上的应用的，PPT共享！ （每帖分享：时间应该被用在有价值且让你快乐的地方，而不是无意义且扰乱心情的事情）
在使用FeaturePlot画图的时候会因为细胞太多存在一些细胞被覆盖的现象，导致表达某基因的细胞由于处于底层而展示不出来。我们如果想要让表达特定基因的细胞都展示在上层，从而...
1.软件和参考基因组文件下载 cellranger下载 建议下载比较新的的，我这个是因为想和原文保持一致所以才下载的老版本官网下载：https://www.10xgenomi...
在处理病毒数据的时候遇到一个问题，由于有不同病毒对应的 蛋白编码基因相同，导致读取的时候出现问题：主要是在R中"ORF1ab"读取为0但是scanpy中读取为13.548，这...
为了使用DiffusionMap，需要安装destiny，但是遇到报错libstdc++.so.6: version GLIBCXX_3.4.30' not found尝试了...
多次遇到rstudio-server服务器自己的用户登录不上，一直卡着，但是别人的用户能正常使用的情况，一般都是自己用户下出现了问题，下面总结几个常用到有助于快速重新登录的办...
在多篇高分文章中都出现了评估细胞亚群纯度的内容，用到的是张泽民团队的ROGEU包。提出了一个基于熵的统计量(ROGUE)来准确地定量鉴定的细胞团的纯度，可应用于所有测试的sc...
h5Seurat 文件格式专门用于存储和分析多模态单细胞和空间分辨表达实验数据，例如来自 CITE-seq 或 10X Visium 技术的数据。它包含所有分子信息和相关的元...
Jinhu Li, Dongfang Wang, Fei Tang, Xinnan Ling, Wenjie Zhang, Zemin Zhang, Pan-cancer i...
Jupyter是一个开源的交互式计算环境，支持超过40种编程语言，其中包括Python、R、Julia等。它最初是IPython项目的一部分，随后发展成为支持多种编程语言的开...
ribo-seq数据可以提供不同状态下的翻译效率，本帖子主要介绍2016年发表在NC上的简便的工具：Xtail。详情请参照github网址：https://github.co...
整合不同批次的数据，或者不同文章来源的数据时，需要检查并去除批次效应带来的影响，减少差异分析部分的假阳性。可以根据PCA图检查潜在的影响因素，例如：批次，测序方法，建库方法等...
本文章以下载上传在GEO database上的ribo-seq数据为例，详细介绍如何使用prefetch和Python脚本快速批量下载数据。 一、使用 prefetch 批量...
简介 Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，最初由 Anaconda 公司开发。Conda 主要用于管理 Python 包和环境，但它也支持其他编程语言如 R...
本文主要介绍TEtranscripts，常用于转座子研究。官网：https://github.com/mhammell-laboratory/TEtranscripts/[h...
