邓老师呦

在发育过程中，细胞会对刺激做出反应，在整个生命过程中，从一种功能性“状态”转变为另一种功能性“状态”。拟时序分析（pseudo-time），它指通过构建细胞间的变化轨迹来重塑...

邓老师呦

前面我们说过空间转录组技术不是真正的单细胞水平，每个spot会捕获5-10个细胞，这样每个spot里实际上可能存在几种不同类型的细胞。但是对于大部分组织细胞来说同一区域周围更...

邓老师呦

好不容易拿到了自己的空间转录组数据，心情激动、跃跃欲试，想赶快去实施一下自己的idea，可是又不会写代码，只能干等着？当然不是，其实你完全可以实现不写代码完成自己大部分数据挖...

邓老师呦

今天来给大家分享的是：怎么一行命令完成RNAseq数据差异分析+火山图+散点图。 一、准备3个文件： 1、基因表达count文件：gene_count_edger.txt 格...

邓老师呦

前面介绍了怎么一行命令完成RNAseq差异分析加作图，那如果我们已经有自己重点关注的基因，并且想把这些基因在差异结果里展示出来怎么弄呢？ 今天再来介绍一下，做完差异分析之后怎...

邓老师呦

自己只做了几个样本的RNAseq测序或芯片，发愁文章里没有什么绚丽的图片可放？别着急，我们可以把差异分析的基因拿来做基因共表达网络分析，通过绘制网络图来给自己的文章增加一点色...

邓老师呦

前面我们有介绍了利用10x Space Ranger软件分析空间转录组原始数据得到可用于下游分析的矩阵和镜像文件。今天来介绍一下怎么利用Space Ranger的结果文件进行...

邓老师呦

前面介绍了利用Seurat对10x空间转录组数据单个样本进行数据预处理、降维、聚类分析。今天来继续分享怎么整合多个空间转录组样本，同时进行聚类和分析marker基因。跟单细胞...