这里讲的是相邻位置同一种细胞类型不同亚群在组织切片上的分化关系，不是组织细胞和免疫细胞的分化关系。虽然空间切片不是单细胞水平，一个spot中有可能会掉落免疫细胞，但是对于组织细胞的区域的spot主要还是组织细胞为主，这样完全是可以分析相邻spot直接的分化关系的。
空间转录组第十讲：空转的细胞分化（拟时序分析）该怎么玩在发育过程中，细胞会对刺激做出反应，在整个生命过程中，从一种功能性“状态”转变为另一种功能性“状态”。拟时序分析（pseudo-time），它指通过构建细胞间的变化轨迹来重塑...
请问指的是哪一部分呢？
空间转录组第九讲：利用SingleR进行细胞类型注释前面我们说过空间转录组技术不是真正的单细胞水平，每个spot会捕获5-10个细胞，这样每个spot里实际上可能存在几种不同类型的细胞。但是对于大部分组织细胞来说同一区域周围更...
在发育过程中，细胞会对刺激做出反应，在整个生命过程中，从一种功能性“状态”转变为另一种功能性“状态”。拟时序分析（pseudo-time），它指通过构建细胞间的变化轨迹来重塑...
前面我们说过空间转录组技术不是真正的单细胞水平，每个spot会捕获5-10个细胞，这样每个spot里实际上可能存在几种不同类型的细胞。但是对于大部分组织细胞来说同一区域周围更...
好不容易拿到了自己的空间转录组数据，心情激动、跃跃欲试，想赶快去实施一下自己的idea，可是又不会写代码，只能干等着？当然不是，其实你完全可以实现不写代码完成自己大部分数据挖...
前面介绍了利用Seurat对10x空间转录组数据单个样本进行数据预处理、降维、聚类分析。今天来继续分享怎么整合多个空间转录组样本，同时进行聚类和分析marker基因。跟单细胞...
前面我们有介绍了利用10x Space Ranger软件分析空间转录组原始数据得到可用于下游分析的矩阵和镜像文件。今天来介绍一下怎么利用Space Ranger的结果文件进行...
最近，空间转录组学研究炙手可热。细胞及其在组织样本中的相对位置之间的关系对于理解疾病病理可能至关重要。空间转录组学是一项开创性的技术，它使科学家能够测量组织样本中的所有基因活...
自己只做了几个样本的RNAseq测序或芯片，发愁文章里没有什么绚丽的图片可放？别着急，我们可以把差异分析的基因拿来做基因共表达网络分析，通过绘制网络图来给自己的文章增加一点色...
前面介绍了怎么一行命令完成RNAseq差异分析加作图，那如果我们已经有自己重点关注的基因，并且想把这些基因在差异结果里展示出来怎么弄呢？ 今天再来介绍一下，做完差异分析之后怎...
