前言 HiC数据的另外一个用途就是可以推断染色体的3D结构。小编也是第一次做染色体三维推断的分析,而网络上也很少能找到关于此分析的帖子,所以在这过程中也是踩了不少的坑,所...
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近几年来,Hyphy的使用人数越来越来多,虽然不及paml,但这款软件的一些优秀特性使得它值得受到使用和关注。首先相比paml,hyphy有以下几大优点: 操作使用简单。 运...
事情源于,我在写脚本的时候,在脚本里面插入了一句 conda activate 环境名, 然后出现如下的报错提示 conda认为我没有初始化环境,我脚本是在bash环境下运行...
为了方便别人快速使用我们文章的数据,先前给自己的project开发了一个shiny app,现在需要把这个APP部署到网页上,因此记录下整个部署过程。使用的是个空白的服务器,...
Dsuite软件文章:Malinsky, M., Matschiner, M. and Svardal, H. (2021) Dsuite ‐ fast D‐statisti...
基因流(也称基因迁移)是指从一个物种的一个种群向另一个种群引入新的遗传物质,从而改变群体“基因库”的组成。通过基因交流向群体中引入新的等位基因,是遗传变异一个非常重要的来源,...
kraken 是微生物组分析进行物种分类的工具,目前已经是第二代 kraken2 了。kraken2 对比 kraken 重点优化了数据库创建速度和数据库大小,以及分类速度。...
最近被数据分析虐的死去活来,好难。 参考文献: Likelihood ratio tests for detecting positiveselection and appl...
非模式物种 step1:注释把本物种的蛋白序列用diamond到eggnog数据库比对 拿到eggnog的注释结果记得吧以#开头的行全部删掉step2:构建自己的物种数据库 ...