Introduction 分享一些R进阶使用的技巧，相当于是之前写的R语言学习[../r-learning]的实践和总结了。 Online slide: https://as...
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Introduction TaxonKit[https://bioinf.shenwei.me/taxonkit/chinese/]是一个用于处理生物分类学数据的命令行工具。...
前言 默认风格的 chordDiagram() 已经可以满足大部分需求了，下面我们介绍一些更高级别的图形配置 使用 1. 轨迹的排布 chordDiagram() 函数默认会...
Introduction 上一篇里通过Metabat2了解了宏基因组分箱的关键步骤，这篇文章将介绍一个更全面的binning流程：MetaWRAP的具体使用方法。 MetaW...
上次已经介绍过了使用R绘制系统发育树的基本用法[//www.greatytc.com/p/b6c4d3376bc9]，也埋下一个小坑：复现文章里好看的树，现在过来填...
Introduction 我们在做生物信息分析时，对于大规模的上游数据的处理，一般需要在大型服务器或集群上进行。我最早接触并使用的是一个基于SLURM调度系统的集群，在此记录...
Logs 增加R包pctax内的一些帮助上游分析的小脚本（2024.03.03） 增加Mmseqs2用于去冗余，基因聚类的速度非常快，且随序列量线性增长（2024.03.12...
Introduction ANI 是指平均核苷酸一致性（Average Nucleotide Identity），它是一种用来比较两种基因组之间相似度的方法。ANI 主要用于...
Introduction GTDB（Genome Taxonomy Database）是一个专注于基因组分类学的数据库，旨在提供高质量的细菌、古细菌、叶绿体和线粒体的分类信息...
Introduction Shiny 是一个 R 包，可轻松地直接从 R 构建交互式 Web 应用程序。还可以在网页上托管独立应用程序或将它们嵌入 R Markdown 文档...
Introduction European Nucleotide Archive (ENA) 是一个由欧洲分子生物学实验室 (EMBL) 欧洲生物信息学研究所 (EBI) 维...
Introduction 在生物信息学领域，对（宏）基因组进行生物合成基因簇（BGCs）的挖掘，编码次生代谢产物的生产已成为自然产物发现的关键策略。在单个基因组水平上，这一过...
Introduction 了解控制群落多样性、功能、演替和生物地理学的机制是生态学，尤其是微生物生态学中的一个核心。推荐阅读综述： Zhou, J. & Ning, D. S...
Introduction 上次简要介绍过了微生物组中生物合成基因簇（BGCs）分析[https://mp.weixin.qq.com/s/4eH0zSR9B-iBZRUUs8...
Introduction 天然产物（natural product，NP）是指生物体内的组成成分或其代谢产物，具有广泛的应用价值。其中，来源于微生物的次级代谢产物，在生物医学...
我们实验室的子诺师姐开发了一种新型的用于个体生物和化学暴露组纵向测绘的可穿戴被动采样器：AirPie。目前可以在一个驱蚊扣差不多大小的device上分析出数千种化合物和微生物...