先DietSeurat之后再重命名吧
如何给Seurat对象的基因重命名？【基因名转换】2022-07-27适用背景 在单细胞分析中，必要的一步是对每个细胞进行注释，这相当于给每个细胞打个标签，或者说起个别名，这些信息都存在@meta.data信息里，所以不用特意去更改细胞名字，S...
IP属地：浙江
先DietSeurat之后再重命名吧
如何给Seurat对象的基因重命名？【基因名转换】2022-07-27适用背景 在单细胞分析中，必要的一步是对每个细胞进行注释，这相当于给每个细胞打个标签，或者说起个别名，这些信息都存在@meta.data信息里，所以不用特意去更改细胞名字，S...
可以去Ensembl下载
如何给Seurat对象的基因重命名？【基因名转换】2022-07-27适用背景 在单细胞分析中，必要的一步是对每个细胞进行注释，这相当于给每个细胞打个标签，或者说起个别名，这些信息都存在@meta.data信息里，所以不用特意去更改细胞名字，S...
@法拉第心系磁生电 可以在这个网页下载：https://guolab.wchscu.cn/AnimalTFDB4//#/Download
如何给Seurat对象的基因重命名？【基因名转换】2022-07-27适用背景 在单细胞分析中，必要的一步是对每个细胞进行注释，这相当于给每个细胞打个标签，或者说起个别名，这些信息都存在@meta.data信息里，所以不用特意去更改细胞名字，S...
用惯了Seurat计算DEGs，使用Scanpy进行计算得到的格式会很不适应，可读性有点差，因此可以使用以下函数进行格式转换，并且根据FC进行了排序筛选Top基因。
检查文件是否存在 同步文件命令 创建数组和模糊搜索文件 标准打印内容到指定文件 也可以直接使用echo 交互输入参数 根据文本生成报告 简易for循环 Job_progres...
@陈长 V5变化太大了，不好改，还是建议从矩阵开始变吧
如何给Seurat对象的基因重命名？【基因名转换】2022-07-27适用背景 在单细胞分析中，必要的一步是对每个细胞进行注释，这相当于给每个细胞打个标签，或者说起个别名，这些信息都存在@meta.data信息里，所以不用特意去更改细胞名字，S...
@自己画饼的小Y 写个循环的shell脚本吧
结合Seurat批量去双胞（DoubletFinder）2022-05-18使用背景 我们一般拿到单细胞矩阵需要做的一个预处理步骤是去双胞，而常用的一个R包是DoubletFinder[https://github.com/chris-mcginni...
@自己画饼的小Y 你可以重新编排一下目录结构，用软连接
结合Seurat批量去双胞（DoubletFinder）2022-05-18使用背景 我们一般拿到单细胞矩阵需要做的一个预处理步骤是去双胞，而常用的一个R包是DoubletFinder[https://github.com/chris-mcginni...
@elaine0622 SeuratDisk就可以吧
从Scanpy的Anndata对象提取信息并转成Seurat对象（适用于空间组且涉及h5文件读写）2022-06-14关键字 Anndata对象转成Seurat对象 h5文件读写 空间组格式转换 已补充快速使用的函数整理版本[//www.greatytc.com/p/48a6886...
@kke_wang 可以啊，可以看看官网，可以投射到umap的
利用Seurat包Transfer数据集（FindTransferAnchors和TransferData）2022-6-09关键词 FindTransferAnchors函数 TransferData函数 细胞类型注释 映射数据集/Transfer 数据集 适用背景 细胞注释的标准一直备受争议，就...
@Bolin 啊这，暴露了吗？
SCENIC/pySCENIC分析补充+小鼠数据示例2022-12-14适用背景 之前写了两篇博客（四步完成单细胞数据调控网络流程分析-SCENIC/pySCENIC-2022-09-06[//www.greatytc.com/p/71...
@一芨芨草 需要的
结合Seurat批量去双胞（DoubletFinder）2022-05-18使用背景 我们一般拿到单细胞矩阵需要做的一个预处理步骤是去双胞，而常用的一个R包是DoubletFinder[https://github.com/chris-mcginni...
@一起闹 这个跟我说的基因家族差不多，我不清楚他的conservation score是怎么算的，我知道有个软件叫orthoFinder可以计算不同物种间的基因家族，应该跟这个差不多，最后大概是把基因聚类，同一个类为一个基因家族，也就是你这里的meta-gene
跨物种同源基因转换（biomaRt和homologene）2022-06-17适用背景 当我们进行跨物种比较分析时会发现基因名对不上，或者找不到基因，这时候就需要进行物种间的同源基因转换。最常用的工具就是Ensembl的biomaRt，另外还查到NCB...
@一芨芨草 理论上就应该放在最前面吧
结合Seurat批量去双胞（DoubletFinder）2022-05-18使用背景 我们一般拿到单细胞矩阵需要做的一个预处理步骤是去双胞，而常用的一个R包是DoubletFinder[https://github.com/chris-mcginni...
@一起闹 many to many 目前没有很好的解决办法，一般用的都是one2one，非要解决的话可以考虑基因家族聚类
跨物种同源基因转换（biomaRt和homologene）2022-06-17适用背景 当我们进行跨物种比较分析时会发现基因名对不上，或者找不到基因，这时候就需要进行物种间的同源基因转换。最常用的工具就是Ensembl的biomaRt，另外还查到NCB...
@生信小白2609 是不是少复制了个")"？
四步完成单细胞数据调控网络流程分析-SCENIC/pySCENIC-2022-09-06适用背景 单细胞转录组调控网络分析是单细胞转录组分析内容的高级分析之一，本文将介绍SCENIC/pySCENIC的流程，具体原理和内容不展开，主要展示代码复现流程。R的SCE...
@沃日 function{}表示一个函数，得用完整语句，不然就报错了，需要一直运行到}才是正常的
使用monocle3进行拟时序分析（从Seurat对象开始）2023-08-31适用背景 单细胞转录组分析中如果涉及到发育或具有时间序列的细胞谱系，往往需要进行拟时序分析，而最最最常用的拟时序分析软件就是Monocle，如今它已经出到了第三个版本mono...
@青青青山 不是哦，是单个数据集去双胞之后再合并的
结合Seurat批量去双胞（DoubletFinder）2022-05-18使用背景 我们一般拿到单细胞矩阵需要做的一个预处理步骤是去双胞，而常用的一个R包是DoubletFinder[https://github.com/chris-mcginni...
@elaine0622 保持scanpy对象obs然后重新对回去就好，细胞名是不会变的，可以用seurat的addmetadata函数
从Scanpy的Anndata对象提取信息并转成Seurat对象（适用于空间组且涉及h5文件读写）2022-06-14关键字 Anndata对象转成Seurat对象 h5文件读写 空间组格式转换 已补充快速使用的函数整理版本[//www.greatytc.com/p/48a6886...