最近在做一个分析的时候，需要使用到python，而我的单细胞数据是seurat对象，所以需要转化一下，变成h5ad。关于seurat转h5ad的方法，我们在PAGA那一部分进...
发简信
IP属地：重庆
最近在做一个分析的时候，需要使用到python，而我的单细胞数据是seurat对象，所以需要转化一下，变成h5ad。关于seurat转h5ad的方法，我们在PAGA那一部分进...
先来个简单的，之前有小伙伴咨询一篇Cell文章中的饼图，展示的是celltype比例，其实之前我们写过很多展示细胞比例的图，这里复现这个3D版的正好弥补我们没有介绍过3D饼图...
看到了一篇Nature的UMAP图，展示的是单细胞，但是特点是标记了celltype的同时指示了marker基因。显然这个处理很有特色，我们可以用代码指示，但是很难一次性达到...
和之前双细胞去除一样，，单细胞转录组分析去除环境污染RNA也是一个可选的内容。为什么会出现这么一个问题呢，还是受限于目前的单细胞技术而已。通俗的来讲，在基于液滴的单细胞RNA...
起因是有小伙伴咨询，做柱状图的时候，怎么添加趋势线，其实很简单，添加一个线性拟合图层即可。刚好最近看到这种图，在做分组表达量箱线图或者小提琴图的时候，在上面添加一个趋势的拟合...
好看的图千千万，我就中意这一款。关于作图的注释，有很多种方法，有段时间，我很中意线条式的注释。一般情况，用AI直接画挺方便，但是还是想使用代码进行实现。发现ggh4x包有类似...
近期在看文献找图的时候，看到一篇文章，一个词走进我的眼帘，Ingenuity Pathway Analysis（IPA），很熟悉，又很陌生。熟悉是因为我知道有这么个东西，我也...
之前微信群里小伙伴求助了一张图，是一篇NC中关于cellchat结果的展示图。特点是它的弦图不像一般图一样只展示互作数目，而是展示细胞受配体。原文提供了代码（包括文章其他部分...
接粉丝”举报“，对于一篇Science文章中的图表感兴趣，在复现的过程中，我发现另外一张让人感觉还可以的图形，是关于富集结果的展示。富集分析真的已经展现过各种形式,例如参考：...
之前我们复现了一篇文章的GSEA图（（更新）复现Cell子刊图表：GSEA多组结果可视化函数[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5OTYz...
之前有小伙伴问cellchat结果气泡图展示，不想用cellchat默认的。我记得我写过还是发布过，但是找不到了，所以重新写了一遍，作为参考！可以单独展示，也可以多组比较！其...
之前我们发布过一个函数(花里胡哨|GSEA结果展示新函数-gene rank-p.adjust-NES值展示[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=...
单细胞代谢分析我们之前分享过，例如基于scmetabolism包的，本质是对基因集合的评分。这次要介绍的scFEA(单细胞通量估计分析)也是基于单细胞转录组进行分析的。scF...
事情是这样的：前面我们发布了这样一款函数（(原创函数)-Cellchat受配体多组比较气泡图函数[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5OT...
前面我们发布了关于cellchat的函数(连夜更新---别说两组了，这个cellchat多组比较气泡图函数10组也能做了[http://mp.weixin.qq.com/s?...
我们很久之前发布过这样的帖子（玩转单细胞(2):Seurat批量做图修饰[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5OTYzMzY5Ng==&m...
最近很多博主捅了这篇Nature文章的窝了，它的富集分析展示很好，我们这里也复现一下（群主真容像彭于晏[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg...
今天我们这一期要说的内容其实很简单，之前我们在写其他内容的时候或多或少的提到过，但是奈何问的人实在很多，次数也很多，所以索性这里出个帖子，将这个问题直接综合起来讲一下。这个内...
之前有小伙伴咨询了一个韦恩图，其实韦恩图很简单，很多在线工具，代码的话不论是R还是python都有各种各样的包或者方法实现作图。但是他的需求是如何指示文字，一般的方法当然是使...
很久以前，我们在写单细胞分析的时候，就写过GSVA分析了，GSVA分析的全名叫Gene Set Variation Analysis，能够分析基因集/通路的活性程度，具体的原...