在单细胞数据分析中，在确定细胞类型后，除了可以进行差异表达基因分析外，还可以针对单个细胞类型进行分析特定分析，这时就需要我们提取细胞子集分开处理了。 一、Seurat数据格式...
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在单细胞数据分析中，在确定细胞类型后，除了可以进行差异表达基因分析外，还可以针对单个细胞类型进行分析特定分析，这时就需要我们提取细胞子集分开处理了。 一、Seurat数据格式...
本文涉及：亚群合并，亚群提取，亚群细分，亚群抽样 一般来讲，不同亚群的细胞具有不同的功能，因此亚群分析对于研究十分重要，会影响后续分析结果。 进行细胞亚群的分群的依据： 细胞...
GNU Parallel是一个shell工具，为了在一台或多台计算机上并行的执行计算任务。本文简要介绍GNU Parallel的使用。 1、parallel 用法简介 1.1...
今天将为大家介绍小麦的特有的生物学网站，该数据库是由国际小麦基因组测序联盟(International Wheat Genome Sequencing Consortium,...
注意，这里使用的seurat对象要求已经run过runUMAMP()findCluster等函数，否则也没有必要把seurat的结果弄到monocle3的cds对象里 1. ...
scRNA矩阵存储的文件格式有10X单细胞测序数据、h5、h5ad、loom：10X单细胞测序数据经过cellranger处理后会得到矩阵的三个文件：matrix.mtx...
常用的细胞通讯软件：CellphoneDB[//www.greatytc.com/p/38a9376f5286]：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用...
KEGG pathway 注释整理 获得KEGG注释 通过eggnog-mapper和interproscan两个软件(或数据库)，可以获得KEGG ORTHOLOGY(KO...
查看perl 版本 查看perl模块搜索路径 查看某个perl模块是否存在 模块安装方法1 —— 命令行形式安装Set::IntervalTree 模块安装方法2 —— co...
以Pacific Biosciences （PacBio）公司为代表的第三代单分子实时荧光测序平台为以测序为基础的科学研究带来了革命性的突破。目前该技术广泛应用于基因组Den...
目前做GSEA主要有两种办法，一种是使用GSEA的java软件，另一种是使用R语言包，当时还有在线的工具做GSEA的数据也有两种，一种是有基因表达矩阵和分组，另一种是使用两列...
相关系数主要分为Pearson、Spearman相关系数 0.8-1.0 极强相关0.6-0.8 强相关0.4-0.6 中等程度相关0.2-0.4 ...
R中的线性回归函数比较简单，就是lm()，比较复杂的是对线性模型的诊断和调整。这里结合Statistical Learning和杜克大学的Data Analysis and ...
写在前面 以下内容均来自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培训班上记录的课堂笔记 1.基因组组装指标评估 为什么...
100天生信-Day1 热图是很方便的数据可视化方法，很多情景下简单、实用。比如在拿到RNA-seq表达矩阵后大概看一个表达情况，而且可以做个聚类大体了解基因表达模式（当然样...
samtools view 提取比对结果相关参数 -f 提取 ## -f 4 提取出没有mapping上的reads-F 过滤 ## -F 4 过滤掉没有mapping上的r...
比对结束后，需要了解比对结果的情况，可以采用samtools flagstat进行统计samtools flagstat统计bam文件比对后每一个参数的解释如下： 如果有些结...
officer是一个生成（处理）Word（docx）和PowerPoint（pptx）的R包。与ReportRs包相比速度要更快，依赖包也更少（好像也是这个作者写的，但是Re...
Error bar 本教程介绍了如何使用R软件和ggplot2软件包创建带有误差线的图形。 1. 数据准备 统计函数代码 或者使用Rmisc包统计函数 2. 带误差条的条形图...