条形图简介 在SCI论文的数据图表中，作者习惯于用条形图来表示分类数据的分布特征。在ggplot2中，条柱对应的几何对象函数为geom_bar(), 它的功能就是展示计数数据...
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条形图简介 在SCI论文的数据图表中，作者习惯于用条形图来表示分类数据的分布特征。在ggplot2中，条柱对应的几何对象函数为geom_bar(), 它的功能就是展示计数数据...
今天要模仿的图片来自于论文 Core gut microbial communities are maintained by beneficial interactions ...
MACS2是peak calling最常用的工具。 callpeak用法 这是MACS2的主要功能，因为MACS2的目的就是找peak，其他功能都是可有可无，唯独callpe...
应用单细胞测序技术研究科学问题越来越普遍，当下应用最火热的是10X Genomics公司的解决方案，但是在某些特殊或者少量细胞样本的单细胞转录组研究中，Smart-seq2技...
一、不求甚解系列 软件下载及配置 conda安装： conda install -c bioconda homer 使用configureHomer.pl完成HOMER软件的...
多种批次效应去除的方法比较 原创 生信技能树 前面我在生信技能树推文：你确定你的差异基因找对了吗？ 提出了文章的转录组数据的60个样品并没有按照毒品上瘾与否这个表型来区分，而...
在单细胞测序下游分析中，当重点关注哪些基因在所有细胞平均表达显著时，可选取所选取的top基因进行可视化。 0、scater包方法 在scaterR包里，有个函数plotHig...
刘小泽写于19.10.23笔记目的：根据生信技能树的单细胞转录组课程探索Smartseq2技术及发育相关的分析课程链接在：http://jm.grazy.cn/index/m...
单细胞转录组：smart-seq2 参考资料： Smart-seq2 scRNA小鼠发育学习笔记: //www.greatytc.com/p/23a8fcb1292...
第六讲：降维Dimensionality reduction (PCA, tSNE and UMAP)视频地址：https://www.youtube.com/watch?v...
刘小泽写于19.10.23笔记目的：根据生信技能树的单细胞转录组课程探索Smartseq2技术及发育相关的分析课程链接在：http://jm.grazy.cn/index/m...
网页上关于GSEA富集分析的教程很多，对自己这个生信小白来说比较简单通俗易懂的当数生信宝典和生信技能树的教程了。感谢大佬们的付出。下面是自己整理的个人学习笔记，可能有理解不对...
旧号无故被封，小号再发一次 更多空间转录组文章： 1. 新版10X Visium 【10X空间转录组Visium】（一）Space Ranger 1.0.0(更新于20191...
首先感谢Y叔的clusterprofiler神包，做富集分析优点是在线爬取数据，结果很可信，但是缺点也是网络问题，网络差点就要等很久，不过GSEA有自带GMT文件，因此下载好...
将SRA转为fastq 数据下载好之后，我们得到的是SRR文件，需要将其转换为fastq格式才能使用 结束之后每个SRR文件会变成解压出三个文件 为什么会有三个文件，这个需要...
前言 在利用cellranger比对单细胞reads时，可以发现有STAR的进程夹杂在里面，那么STAR可以用来比对单细胞数据吗？在STAR的2.7版本中（2.7.6a）出现...
刘小泽写于19.10.26-27，更新于2020-06-23，最近会继续整理这本资料为何取名叫“交响乐”？因为单细胞分析就像一个大乐团，需要各个流程的协同配合分析单细胞数据，...
