@模拟书匠X 👍👍
SAM格式详细说明SAM (Sequence Alignment/Map) 是存储RNA-seq比对结果的格式。BWA、Bowtie/Bowtie2、HISAT/HISAT2、Tophat等均...
SAM (Sequence Alignment/Map) 是存储RNA-seq比对结果的格式。BWA、Bowtie/Bowtie2、HISAT/HISAT2、Tophat等均...
”第五列:Mapping quality,比对的质量分数,越高说明该read比对到参考基因组上的位置越唯一;“
这句不对,这个质量就是 fastq 文件中的碱基质量(fastq 文件的第四行),是说明测序仪器测序得到的碱基准确度,表示的是碱基的错误概率的对数值,和比对到参考基因上位置唯一不唯一无关,且比对使用的是 Smith-Waterman 算法,本身就可能存在两个或两个以上的匹配路径,如:
A-GCG
ACGC-
和
AGCG-
A-CGC
SAM格式详细说明SAM (Sequence Alignment/Map) 是存储RNA-seq比对结果的格式。BWA、Bowtie/Bowtie2、HISAT/HISAT2、Tophat等均...