1、前期准备 创建并打开编译目录 mkdir /home/software/llvm-project && cd/home/software/llvm-project 下载l...
发简信
IP属地：上海
1、前期准备 创建并打开编译目录 mkdir /home/software/llvm-project && cd/home/software/llvm-project 下载l...
1、查看CentOS镜像版本 1.1 查看系统版本 uname -a 结果如下 Linux bogon 3.10.0-1127.el7.x86_64 #1 SMP Tue M...
问题： git clone https://github.com/github/gitignore.git正克隆到 'gitignore'...fatal: unable t...
cellassign基于Marker基因信息将单细胞RNA测序获得的细胞分型匹配到已知细胞类型。与其他从单细胞RNA-seq数据中确定细胞类型的方法不同，cellassign...
sample_one_index = sample_one_index.rename(columns={'CellID': 'Barcodes'})
感觉这个地方是个坑啊😂
使用scVelo进行RNA velocity分析-01scVelo于2020年发表在Nature Biotechnology[https://www.nature.com/articles/s41587-020-0591-3]，...
1、问题的出现 # 安装依赖pip install anndata scanpy numpy scipy pandas scikit-learn matplotlib# 正式...
@七茶茶 对单个样本使用cellranger count后，outs目录会出现possorted_genome_bam.bam，velocyto可以利用这个文件生成loom文件，loom文件应该包含spliced, unspliced, ambiguous三个数据集，分别对不同样本的这三个数据集进行合并就行
单细胞之轨迹分析-4：scVelo轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[//www.greatytc.com/p/ee0f7a8e6a06] 单细胞之轨迹分析-2：mono...
这个网名我真的经常用于代码中，但是你不是做单细胞测序的啊😅
RNAvelocity系列教程6：# scVelo用于RNA 速率基本流程scVelo用于RNA 速率基本流程 在这里，您将学习RNA速率分析的基本流程。 示例数据菜用胰腺发育数据集，其谱系包含四个主要细胞命运：α、β、δ和ε细胞。有关详细信息，请...
不用单独构建环境，把依赖安装好就行😊
Vecyloto.R的安装（碰壁无数次，终于成功）（文中引用了一些其他作者的教程，如果是不允许转载的请私信告知我，我会立即删除，谢谢）velocyto用于单细胞数据的分析（RNA速率分析）的工具。除了常用的拟时序轨迹分析，R...
众所周知，velocyto是一个python软件包，在单细胞分析过程中，主要使用的是R语言编写代码进行分析，如果在单细胞速率分析时加入python，代码便不方便整理。为此，v...
轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[//www.greatytc.com/p/ee0f7a8e6a06] 拟时间序列分析（Pseudot...
美女学霸，请问这篇文章用的是类器官嘛？
文献学习103--Mitochondria 是活化单核细胞释放的 a Subset of Extracellular Vesicles 可以诱导内皮细胞 Type I IFN 和 TNF 反应1. LPS-Stimulated THP-1 Monocytic Cells Release Proinflammatory Microvesicles Enriched ...
自己打才能记得住！！！
单细胞之轨迹分析-2：monocle2 原理解读+实操轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[//www.greatytc.com/p/ee0f7a8e6a06] 拟时间序列分析（Pseudot...
Matrix退回上一版
单细胞之轨迹分析-2：monocle2 原理解读+实操轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[//www.greatytc.com/p/ee0f7a8e6a06] 拟时间序列分析（Pseudot...
