fastqc 0.12.1 [#Nextera Transposase Sequence & PolyG] ktrim 1.5.0 alignment rmdup
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fastqc 0.12.1 [#Nextera Transposase Sequence & PolyG] ktrim 1.5.0 alignment rmdup
bigwigCompare --bigwig1 teatment_rep1.bw --bigwig2 control_rep1.bw --operation subtract...
在之前通过macs2得到了差异peaks的数据，现在利用ChIPseeker包进行注释。参考：CS2: BED文件[https://mp.weixin.qq.com/s?__...
需要文件：seacr/;bam/ 加载R包： 输出文件:file1 = left_join(peakN, peakOverlap, by = c("Histone", "pe...
需要文件：bowtie2_summary/;bowtie2_summary/;fragmentLen/;binLen/ 加载R包： 设置路径 输出文件:file = left...
接上回[//www.greatytc.com/p/1d826a65fd59]，得到 bedgraph 文件了。重要秘籍: In-depth-NGS-Data-Ana...
状态已经癫狂了。DiffBinddbObj <- dba.count(dbObj, bUseSummarizeOverlaps=TRUE)一直报错： [W::hts_idx_...
在读取CSV文件时，报错如下：> a <- read.csv('SampleSheet.csv',sep=",",header=T)Warning message:In re...
想读取在mac上的u盘中文件，但是找不到路径。> setwd('UPan')Error in setwd("UPan") : 无法改变工作目录 u盘磁盘是在Volumes/目...
平常绘图可以参考这里[https://r-graph-gallery.com/]。 使用barplot绘制水平柱形图 一张水平柱形图就画好了！ 使用ggplot绘制双向柱形图...
跟着官网[https://yezhengstat.github.io/CUTTag_tutorial/]学习CUT&Tag数据分析，参考：protocol[https://w...
fragCount1 <- fragCount[!(rowSums(is.na(fragCount))),]is.na()会导出TRUE,FALSE，rowSums会计算每行...
实例 Heatmap on CUT&Tag peaks, 这里要提取染色体编号，起始位置，终止位置。 先分割后提取（split函数）seacr.peaks.stringent...
方法1. 通过PubMed下载文献信息导入 找到刚刚我们下载好的pubmed-LMNA.txt文件，通过EndNote20方式打开。 这样就导入好了一篇文献的信息。 方法2....
首先需要创建一个txt文件，里面是将要替换的文字。（第一行可以随便写点，但是一定要写，后面不会读取第一行） 点击需要替换文字的图层 图像——变量——定义... 勾选文本替换 ...
概念 所谓“物以类聚，人以群分”，聚类分析就是进行分类。分为两种：（实际没区别，进行转阵就可以） 对变量（指标、列）的聚类——R型 对观测值（行）的聚类——Q型 如何分类？ ...
.gz 解压：gzip -d FileName.gz; 等价于gunzip FileName.gz压缩：gzip FileName 实例gunzip ../01.rawfq/...