写在前面 目前基因组测序和组装成本几乎已经到任何一个课题组都可以单独负担的价码，大量物种的基因组序列被测定和释放。与此同时，对应的基因结构注释信息文件，如GTF或GFF3文件...
发简信
IP属地：广东
写在前面 目前基因组测序和组装成本几乎已经到任何一个课题组都可以单独负担的价码，大量物种的基因组序列被测定和释放。与此同时，对应的基因结构注释信息文件，如GTF或GFF3文件...
只想水一水，我某一天水别人的东西。今天，看了半个小时的nextdenovo组装 segmentation fault 报错异常，终于从github上的回复看到了解决思路，老...
写在前面 三年前，那时往“全国植物基因组会议”投个了摘要，也准备了下墙报，有点期待能得到点认可。当然和以前一样，优秀跟我没啥关系。这是结果，结果当然不会反过来影响过程。为了让...
gff3格式 基因结构注释文件一般为gff3的格式，一共是9列，依次为基因组序列id，注释来源，类型，起始位置，终止位置，得分，正负链，相位，属性。基因结构注释文件中，基因包...
最近跑通了一遍GWAS分析，全程在linux操作，虽然具体还有好多需要微调的地方，先把代码整理分享出来mark一下 前期准备 1.理论知识 强烈推荐百迈客云课堂课程GWAS生...
基因组组装完成后，或者是完成了草图，就不可避免遇到一个问题，需要对基因组序列进行注释。注释之前首先得构建基因模型，有三种策略： 从头注释(de novo prediction...
推荐首先研读官方github教程 Juicebox Assembly Tools[https://github.com/aidenlab/Juicebox/wiki/Juic...
论文 Super-pangenome analyses highlight genomic diversity and structural variation across...
主成分分析(PCA)是一种线性降维方法，能从纷繁复杂的数据中抽离出关键因素，用来区分不同的样本。这里我们不谈PCA背后的数学原理，只谈哪些软件能够处理数据，我找到了以下三款 ...
