@守候在凌晨 好的，感谢～
DNA甲基化分析④去重复＆计算胞嘧啶的甲基化值1、去除冗余的reads 结果： 2、将bam文件转化为sam文件 结果： 3、计算每个胞嘧啶的甲基化值 结果：
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DNA甲基化分析④去重复＆计算胞嘧啶的甲基化值1、去除冗余的reads 结果： 2、将bam文件转化为sam文件 结果： 3、计算每个胞嘧啶的甲基化值 结果：
请问比对完并有了每个位点的甲基化水平之后，下游分析第一步就是PCA吗？
DNA甲基化分析④去重复＆计算胞嘧啶的甲基化值1、去除冗余的reads 结果： 2、将bam文件转化为sam文件 结果： 3、计算每个胞嘧啶的甲基化值 结果：
请教一下：请问bismark比对后应该怎么进行后续分析？看了很多教程还是一头雾水
DNA甲基化分析----------甲基化比对软件专题（Bismark）我们在上个笔记中介绍了一些关于DNA甲基化的基本概念。那么如何去判断这个序列里面甲基化的信息呢？今天我们就来就这个话题好好聊一聊~--------------------...
懂得了那么多道理，却依然过不好这一生。 所以理论归理论，最终要落实到分析代码上，咱们从这一篇开始，介绍一套扩增子数据分析流程。 闲话少叙，首先介绍一下项目背景： 测序平台: ...
您好，感谢分享～请问如果公司给的直接是fastq文件，是不是说明demultiplexing 这一步已经做了？
bcl2fastq 产生的多个lane 的fastq.gz 合并bcl2fastq 产生的文件结果如下（4个lane fastq.gz 文件）： 现在要将多个lane 的fastq.gz合并，方便下步骤的分析。 方法1： 方法1： 结果分...
您好，感谢分享～生信入门中，想跟着您的这个教程学习
也看了很多介绍，但对整个分析的模式我还不是很理解，请问您是在Linux环境下安装R及这些R包进行分析的吗？
那自己本地的R一般是只用作下游的一些高级分析？
scATAC-seq数据分析练习（成年小鼠大脑组织）教程官网以及练习数据下载：https://satijalab.org/signac/articles/ 在这个练习里使用了成年小鼠大脑细胞的scATAC-seq数据来作为例子...
您好，请教您一下，如果处理10X scATAC测序的原始数据，我第一步要做的是不是用cellranger进行质控？
scATAC分析实战（step1）scATAC_Code 对单细胞测序感兴趣的可以先参考下面的课程：Analysis of single cell RNA-seq data：https://scrnaseq-...
简介 Seurat是一个r包，被设计用于单细胞rna-seq数据的细胞质控和分析。Seurat旨在使用户能够识别和解释单细胞转录组数据中的异质性来源，同时提供整合不同类型...
作者 | Arno审稿 | 童蒙编辑 | amethyst 上一期我们介绍了ATAC-seq相关的背景知识。ATAC-Seq能帮助我们从全基因组范围内推测可能的开放染色质位点...
解释任何单细胞测序数据的起点都是对给定数据集中的细胞簇进行注释。由于缺乏专门设计的工具以及在单细胞ATAC-seq数据中使用不直观的顺式和跨式调控元素（unintuitive...
您好，请问流程第二步中“计算Raw deviation for background peaks” 中backgroud peaks是指啥？（努力想弄明白各种原理中...
Week4— chromVAR:预测染色质可及性相关的转录因子第四周 2018— 06.11-06.17原文： chromVAR: Inferring transcription factor-associated accessibil...
