数据比对 使用FuSeq_WES
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处理原始scRNA-seq数据 2.1 FastQC 当你获取到单细胞下机数据的时候，第一步需要做的就是检查数据质量。本次教程使用的数据为(Kolodziejczyk et ...
此post旨在提取heatmap作图中的cluster行名或者列名 其实，对heatmap热图提取cluster就是对hclust的结果提取cluster，tree_col和...
常用的细胞通讯软件：CellphoneDB[//www.greatytc.com/p/38a9376f5286]：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用...
@蓬举举 这一点和RRBS及WGBS的测序原理相关。
DNA甲基化测序数据处理（一）：数据比对前言 因为组里面出了一批甲基化测序数据，使用的技术为BS-seq，处理的时候顺带记录了学习过程，演示使用数据为官方提供的example.fastq。 DNA甲基化及CpG岛定...
@桁_COLA 你好，不好意思，简书基本不上了。建议使用chipseerker包，Y叔出品，简单好用。https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/ChIPseeker/inst/doc/ChIPseeker.html
DNA甲基化测序数据处理（二）：差异分析前言 衔接上一篇数据比对后的结果，使用R包DSS进行处理。 Input文件准备 我们先来复习一下上一节课得到的数据结果：*.bismark.cov.gz 文件 这里我们使用的...
上周用电脑时突然发现，插着电源，但电池越来越少，鼠标移到电池上一看，显示“电源已接通，未充电”。嗯？？？ 首先先百度了一下，可惜百度出来的结果都没什么用。折腾了一晚上都没有好...
@lola_58bf multimapped reads不建议使用。
RNA-seq数据分析---方法学文章的实战练习前言 这次给大家带来的是16年发表在NATURE PROTOCOLS上面的一篇处理RNA-seq数据的文章：Transcript-level expression analy...
@9395e1ea8a2e 不清楚 MACS有没有发Windows版本，但是control可以不用
MACS2学习笔记安装默认使用Conda macs2的基本命令 输出文件包括 为了方便在IGV上查看ChIP-seq的结果和后期的可视化展示，所以我们需要把macs2的结果转化为bw提供给IG...
ncHMR detector: a computational framework to systematically reveal non- classical funct...
@NICE_AGIS 不好意思回复的比较晚，简书上的不太多。事实上做转录本层面的差异应该是用深度测序的流程吧，有点类似做splicing差异。novel transcript的区别也比较简单，就是使用已有的数据库进行注释，注释不出来的就可以当成一个novel transcript candidate对待，不知道你是否同意。
RNA-seq数据分析---方法学文章的实战练习前言 这次给大家带来的是16年发表在NATURE PROTOCOLS上面的一篇处理RNA-seq数据的文章：Transcript-level expression analy...
@NICE_AGIS 一般来说，RNA-seq不太会涉及到novel transcript的discovery，所以在hisat2比对玩以后，都是衔接的reads counts提取，而不是stringtie（因为还没有成熟的流程配合）
RNA-seq数据分析---方法学文章的实战练习前言 这次给大家带来的是16年发表在NATURE PROTOCOLS上面的一篇处理RNA-seq数据的文章：Transcript-level expression analy...
@cb6416cfb920 在点赞和down vote的侧边可以点开收藏
RNA-seq数据分析---方法学文章的实战练习前言 这次给大家带来的是16年发表在NATURE PROTOCOLS上面的一篇处理RNA-seq数据的文章：Transcript-level expression analy...
最近也是从Seurat3&Monocle3转战Scanpy，发现真香。看到你的学习记录不由振奋，自觉目前还是三者整合出图才是最棒的，Scanpy的PAGA/Trajectory+ Seurat的分群作图 + Monocle3的Trajectory
实验记录13: scanpy细胞分化轨迹推断大型真香现场与上次翻车实验的不同： 过滤了更多的细胞和基因。在处理数据时，低质量的细胞一定要清除掉，告诫大家宁缺毋滥。。。否则后续分析真的是一堆的噪点。 跳过了scanpy中的降噪步骤。...
